Punkaharjulla on kolme hautausmaata. Kirkonkylän läheisyydessä sijaitsevat Punkaharjun vanha hautausmaa, Kirkkotie 10, Pakkasenharjun hautausmaa, Kirkkotie 9 ja Vuoriniemellä sijaitseva Vuoriniemen hautausmaa, Särkilahdentie 1535.
Vanha hautausmaa otettiin käyttöön vuonna 1923 ja Pakkasenharjun hautausmaa vuonna 1981. Pakkasenharjun hautausmaan laajennus uurna-alueineen vihittiin käyttöönsä vuonna 2009.
